רבי מלאכי הכהן (כ"ב בתמוז ה'ת"ס, 10 ביולי 1700 - כ"א בחשון ה'תקל"ב, 29 באוקטובר 1771) היה רב איטלקי, מגדולי רבני ליוורנו במאה ה-18. נודע בספרו האנציקלופדי לכללי התלמוד "יד מלאכי".
רבי מלאכי הכהן (כ"ב בתמוז ה'ת"ס, 10 ביולי 1700 - כ"א בחשון ה'תקל"ב, 29 באוקטובר 1771) היה רב איטלקי, מגדולי רבני ליוורנו במאה ה-18. נודע בספרו האנציקלופדי לכללי התלמוד "יד מלאכי".
נולד לרב יעקב הכהן בליוורנו, הוא למד אצל רבני ליוורנו ובהם הפוסק והמקובל רבי אברהם חיים רודריגס מחבר "ארח לצדיק". רבו המובהק היה המקובל רבי יוסף אירגס מחבר "שומר אמונים", ממנו למד תלמוד, הלכה וקבלה. עם פטירת רבו זה, הפקיד את כל כתביו בידי תלמידו רבי מלאכי, והוא שהדפיס את ספריו הקבליים "שומר אמונים", "מבוא פתחים" ו"שאלות ותשובות"; ואת ספר השו"ת ההלכתי שלו "דברי יוסף".
הוא ידע את מלאכת כתיבת הסת"ם, וספר תורה שכתב בכתב ידו, מתואר בידי רבי חיים פלאג'י.
בהיותו מרבני ליוורנו הוא חתום על הסכמות ספרים רבים שנדפסו בעיר. הוא חתום גם על מכתב התמיכה ברבי יהונתן אייבשיץ בעת המחלוקת שהתגלעה בינו לבין רבי יעקב עמדין. איגרת ממנו בלועזית, חתומה לטינית הנוגעת לתיבת ספריו של רמח"ל בעת הפולמוס בעניינו, התפרסמה בטעות בעילום שמו בידי שמעון גינצבורג, "ר' משה חיים לוצאטו ובני דורו, אוסף אגרות ותעודות".
הוא נפטר בכ"א בחשון ה'תקל"ב, 29 באוקטובר 1771. נחום סלושץ משער שנפטר בטריפולי, לוב, אך מכל מקום, קברו נמצא בליוורנו. רבי אברהם כלפון מחכמי טריפולי כתב עליו קינה בשם "על מצבת הרב יד מלאכי".
על מצבת קברו נחרתו השורות:
העוברים קרבו חזו אבן, תסתיר יסוד עולם ומבצרו
הרב אשר דמה למלא"ך אל, כה"ן גדול הדור והדרו
שפט בצדק דל ושם שלום, הרביץ בישראל חק דת צורו
מיום היותו עד אשר בא פה, את בוראו הכיר ואת יוצרו
לכן זבול עלה לחיי עד, לפני ה' יהיה שחרו
תחת אבן זו נטמן איש תם ישר ונאמן
הרב הכולל הדיין המצוין
המקובל האלהי החסיד והעניו
מרביץ תורה בישראל כמוהר"ר מלאכי הכהן
נל"ע ביום שלישי כ"א לחדש חשון שנת ---
והייתה מנוחתו כבוד תהי נפשו צרורה בצרור החיים
הרב דוד שלוש מסר בשם יהודה לייב ביאלר שהשתתף במשלחת הישראלית להעברת קברו של החיד"א מליוורנו להר המנוחות בירושלים, כי בעת חפירת הקבר, פגעו החופרים בקבר הסמוך, קברו של רבי מלאכי הכהן, וגילו את רגלו עטופת התכריכים.
הוא סידר רבים מחידושיו ככללים המקיפים סוגיות רבות בתלמוד ובדברי הראשונים והאחרונים. הגהותיו לספר הליכות עולם נדפסו במהדורות מאוחרות של הספר, בחתימה הרמ"ך. ספרו "יד מלאכי" נדפס לראשונה בחייו בשנת ה'תקכ"ז ובפעם השנייה בברלין בשנת ה'תרי"ז. הספר נחשב לאחד מספרי הכללים היסודיים ביותר ומצוטט תדיר בכל ספרות הכללים שלאחריו. הוא זכה למהדורות רבות, לאחרונה גם הודפס בסדר חדש בשנת ה'תשס"א על ידי מישור ובשנת ה'תשע"ו על ידי מכון ירושלים בשלושה כרכים. בשני כרכים הראשונים הודפס הספר יד מלאכי ובכרך השלישי הודפסו כתבים נוספים: ביאורו על התורה וכמה משניות, שו"ת ופסקים, "השיר והשבח" - פיוטים, כל אלו בתוספת מפתחות והערות רחבות.
מלבד ספרו זה חיבר גם ספרון תפילה בשם "שבחי תודה" לאחר רעידת אדמה שפקדה את ליוורנו.
הוא ניהל חליפות מכתבים בעיקר בנושאים הלכתיים עם רבים מרבני דורו, ידוע במיוחד דין ודברים שהיו לו, בהוראת רבו רבי אברהם חיים רודריגס, עם רבי יצחק למפרונטי מחבר האנציקלופדיה ההלכתית "פחד יצחק" בעניין ברכת ה"קוקולאט"א" (שוקולד). לדעת הרבנים רודריגס והכהן, יש לברך על השוקולד בורא פרי העץ, ואילו הרב למפרונטי צידד כי יש לברך שהכל נהיה בדברו. מסקנתם המשותפת למעשה הייתה לברך "שהכל"
חיבר קינות מחורזות ושנונות, ביניהן על רבו, רבי יוסף אירגאס ועל רבי חיים בן עטר.